Se realizaron cambios sustanciales en los vuelos nacionales a mediados de la década de 1990. El mercado se abrió en 1997 y, hasta entonces, el gobierno aplicó un sistema de licencias especiales para controlar vuelos comerciales nacionales. Icelandair se preparó para los cambios mediante la creación de una nueva compañía, especialmente para las rutas domésticas. Flugfélag Norðurlands y la aerolínea nacional de Icelandair se fusionaron para formar una filial independiente de Icelandair. Flugfélag Íslands, la cuarta compañía con ese nombre, ingresó al mercado.
Una guerra de precios en las rutas más populares estalló después de la apertura del mercado, con los precios cayendo hasta un 40%, mientras que el número de pasajeros aumentó en solo un 20%. Tener que correr en una pérdida como esta pone a algunas aerolíneas fuera del negocio. Para mantenerse en funcionamiento, Flugfélag Íslands hizo todo lo posible para mejorar la eficiencia. La fuerza de trabajo se redujo y los boletos ya no se emitieron. Los pasajeros comenzaron a reservar sus asientos en Internet gradualmente. Estas medidas fueron efectivas: en 2002, el operador nacional registró una ganancia de $ 1.7 millones.
El número de pasajeros llegó a 400,000 en 2006. Sus destinos fueron Akureyri, Egilsstaðir, Ísafjörður, las Islas Westman, las Islas Feroe y las ciudades de Groenlandia de Kulusuk, Narsassuak y Nuuk, además de Reykjavík. Los vuelos también operaban desde Akureyri a Grímsey, Þórshöfn y Vopnafjörður.
En 2007, la flota nacional consistió en seis Fokker 50, dos DASH 8-100 y un avión Twin Otter.