Merkittäviä muutoksia tehtiin kotimaan lennoilla 1990-luvun puolivälissä. Markkinat avattiin vuonna 1997, ja siihen asti hallitus sovelsi erityisten toimilupajärjestelmää kotimaisten kaupallisten lentojen hallintaan. Icelandair varautui muutoksiin luomalla uuden yrityksen erityisesti kotimaan reiteille. Flugfélag Norðurlands ja Icelandairin kotimainen lentoliikenteen harjoittaja sulautuivat muodostamaan itsenäisen Icelandairin tytäryhtiön. Flugfélag Íslands, joka on neljännen yrityksen nimi, tuli markkinoille.
Hintasota suosituimmista reiteistä puhkesi markkinoiden avaamisen jälkeen, ja hinnat laskivat jopa 40 prosenttiin, kun matkustajamäärä kasvoi vain 20 prosentilla. Ottaessasi tappiolla, tuo lentoyhtiöt pois liiketoiminnasta. Jotta toiminta pysyisi toiminnassa, Flugfélag Íslands teki kaiken voitavansa tehostaakseen tehokkuuttaan. Työvoimaa vähennettiin ja lippuja ei enää myönnetty. Matkustajat alkoivat vähitellen paikantaa paikkoja internetissä. Nämä toimenpiteet olivat tehokkaita: vuonna 2002 kotimainen lentoliikenteen harjoittaja kirjasi 1,7 miljoonan dollarin voiton.
Matkustajamäärät olivat vuonna 2006 400 000. Heidän kohteet Reykjavíkin lisäksi olivat Akureyri, Egilsstaðir, Ísafjörður, Westmansaaret, Färsaaret ja Grönlannin kaupungit Kulusuk, Narsassuak ja Nuuk. Lennot toimivat myös Akureyri Grímsey, Þórshöfn ja Vopnafjörður.
Vuonna 2007 kotimaan laivasto koostui kuudesta Fokker 50: stä, kahdesta DASH 8-100: sta ja yhdestä Twin Otter -koneesta.