A metà degli anni 1990 furono apportate importanti modifiche ai voli interni. Il settore fu aperto nel 1997: fino a quel momento il governo applicava un sistema di licenze speciali per controllare i voli commerciali nazionali. Icelandair si preparò al cambiamento creando una nuova compagnia, in particolare per le rotte nazionali. Flugfélag Norðurlands e il vettore nazionale di Icelandair si unirono per formare una società controllata e indipendente di Icelandair. Flugfélag Íslands, la quarta azienda ad avere quel nome, fa il suo ingresso nel mercato.
Dopo l'apertura del mercato, scoppiò una guerra dei prezzi sulle rotte più richieste, facendo calare le tariffe fino al 40% a fronte di un aumento dei passeggeri solo del 20%. Con una perdita del genere, alcune compagnie dovettero uscire dal mercato. Per restare a galla, Flugfélag Íslands fece il possibile per migliorare l'efficienza. La forza lavoro fu ridimensionata e i biglietti non furono più emessi. Pian piano, i passeggeri iniziano a prenotare i loro posti da internet. Queste mosse furono decisive: nel 2002, il vettore nazionale registrò un utile di $1.7 milioni .
Il numero di passeggeri arrivò a 400.000 nel 2006. Le destinazioni erano Akureyri, Egilsstaðir, Ísafjörður, isole Westman, isole Faroe e le città di Kulusuk, Narsassuak e Nuuk in Groenlandia e Reykjavík. Inoltre, Akureyri era collegata a Grímsey, Þórshöfn e Vopnafjörður.
Nel 2007 la flotta nazionale era costituita da sei Fokker 50, due DASH 8-100 e un Twin Otter.